इस शहर की स्थापना 1610 में मुर्तजा निज़ाम शाह के प्रधान मंत्री मलिक अम्बर ने की थी, जिसे ‘खिडकी’ या खिड़की नामक एक गाँव की साइट पर रखा गया था। उसने यहां अपनी राजधानी स्थापित की, और उसकी सेना के लोगों ने इसके चारों ओर खुद के लिए आवास बनाए। उनके बेटे फतेह खान ने राजधानी का नाम बदलकर फत नगर कर दिया। 1653 में दिल्ली के सम्राट शाहजहाँ के पुत्र औरंगज़ेब को दख्खन का वायसराय नियुक्त किया गया। उन्होंने फतेहनगर को अपनी राजधानी बनाया और इसे औरंगाबाद कहा। उन्होंने खुद के लिए महलों और अन्य इमारतों को खड़ा किया और पूरी दीवार को घेर लिया, जो अभी भी बनी हुई है। 1707 में औरंगज़ेब की मृत्यु के बाद, औरंगाबाद को दिल्ली के शासकों ने बंद कर दिया। हालांकि, औरंगाबाद अभी भी हैदराबाद डिस्ट्स में से एक का मुख्य शहर बना हुआ है। गाज़ीउद्दीन की राजधानी निज़ाम-उल-मुल्क आसिफ जाह के पुत्र के शासनकाल के दौरान, हैदराबाद को लगभग 1726 में हैदराबाद में स्थानांतरित कर दिया गया था।

1853 में औरंगाबाद में एक संघर्षरत सैन्य टुकड़ी और अरब सैनिकों का एक दल देखा गया, जो दाउदगाँव के मानसिंह राव राजा से संबंधित था। इस वर्ष अक्टूबर के पहले सप्ताह में, ब्रिगेडियर माने स्टेशन ने राजा को उन अरबों से बचाया, जिन्होंने राजा को रोशनगेट के नाम से जसवंतपुरा में कैद में रखा था। वर्ष 1857 में, स्थानीय ब्रिटिश घुड़सवार सेना और पैदल सेना इकाइयों के भीतर एक आंतरिक गड़बड़ी थी। पहली और तीसरी घुड़सवार सेना और दूसरी पैदल सेना इकाइयाँ ब्रिटिश राज के खिलाफ भारत के लोकप्रिय के बीच सामान्य विद्रोह के प्रभाव के कारण मानी जाती हैं। जनरल वुडबर्न को स्थिति को नियंत्रित करने के लिए 2 तोपों की एक टुकड़ी के साथ यूरोपीय तोपखाने और 25 वीं बॉम्बे इन्फैंट्री की सेना के साथ पूना से भेजा गया था। अंततः एक भयंकर युद्ध के बाद, जनरल वुडबर्न इकाइयों के बीच विद्रोह को नियंत्रित करने में सफल रहे। इसके बाद, औरंगाबाद में तैनात दल ब्रिटिश शासन के प्रति वफादार रहे।